L'arrêté Bonny n'a pas été entièrement respecté par les entreprises et n'a pas fait l'objet d'un contrôle adéquat. C’est la conclusion du Contrôle fédéral des finances. L’organisme a mené en 2011 un audit dans quatre cantons dont Neuchâtel, Vaud et Fribourg. L’arrêté Bonny vise à aider des régions économiquement en difficulté.
Le Secrétariat d'Etat à l'économie (SECO), chargé de surveiller les entreprises qui bénéficient des exonérations fiscales, a redéfini sa surveillance sur les entreprises. Le SECO doit réaliser un examen approfondi cette année avant d'accorder un renouvellement des allègements pour une seconde période de cinq ans.
La mise en œuvre de cette loi entraîne d'importantes pertes pour l'impôt fédéral direct. /ats-aes
